Il Codice Etico della Scuola Superiore Sant'Anna è stato elaborato dalla Commissione incaricata dal Senato Accademico, composta da Anna Loretoni, Presidente del Comitato Pari Opportunità, supportata da Emanuele Rossi, Preside della Classe di Scienze sociali, Dino Trenta, responsabile dell'Ufficio legale e Elettra Stradella.
Nella sua stesura sono stati valorizzati l'ascolto ed il confronto con le diverse istanze e gli spunti provenienti da tutte le componenti della Scuola Superiore Sant'Anna. Dopo alcuni focus group, che hanno coinvolto anche il personale precario, il confronto è sfociato in un seminario di approfondimento sul tema dei codici di autoregolamentazione e autonormazione etica universitaria. All'incontro, che si è tenuto il 24 novembre 2009, hanno partecipato esperti e studiosi di altre Università italiane.

Il testo prodotto da questo iter innovativo ricalca le peculiarità della Scuola Superiore Sant'Anna e sottolinea la centralità dell'esistenza di una comunità solidale all'interno della quale opera una realtà di tipo collegiale, della promozione del merito quale primario valore costituzionale e quale fondamentale strumento di mobilità sociale, della fertile e permanente intersezione tra formazione e ricerca e della valorizzazione delle differenze.

Il Codice è suddiviso in tre parti: destinatari e finalità, regole di condotta, organi e strumenti di attuazione. In questa ultima sezione si istituisce un Comitato garante, che verifica e comunica l'attuazione del Codice anche attraverso gli strumenti della rendicontazione sociale, e si introduce la figura del Consigliere di fiducia, organo esterno con funzioni di assistenza, ascolto, mediazione e conciliazione.

Tra le questioni affrontate dal Codice, un particolare rilievo è assunto dalla norma in tema di "nepotismo e favoritismo", che prevede misure concrete per sconfiggerli, e da quella sul "conflitto di interessi". Quest'ultima prevede che i membri del personale della Scuola informino il Comitato garante di un eventuale conflitto e si astengano dalle attività o decisioni dove questo conflitto potrebbe pesare; inoltre stabilisce che la mancata comunicazione al Comitato garante, o la mancata astensione, possa costituire motivo di sanzione disciplinare.

In accordo con la Carta europea dei Ricercatori, emanata dalla Commissione Europea con la Raccomandazione 2005/251/CE, il Codice precisa che la Scuola Superiore Sant'Anna considera tutti i componenti del personale della ricerca operanti al suo interno quali professionisti, indipendentemente dalla classificazione relativa ai differenti status giuridici esistenti a livello legislativo. Esso pone in essere condizioni di lavoro tali da garantire la parità tra generi nell'esercizio delle attività di ricerca e la realizzazione di un ambiente di ricerca in grado di offrire strumenti e opportunità adeguati. Il Codice prevede inoltre che la Scuola Superiore Sant'Anna favorisca l'affidamento di ruoli di supervisione, responsabilità e coordinamento di progetti ai giovani ricercatori.